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Phénotypage par imagerie

3 JOURS
EN PRÉSENTIEL
14, 15 et 16
NOVEMBRE 2022

Les fondamentaux en acquisition et analyse d'images pour l'agronomie et l'agroalimentaire

Grâce aux avancées technologiques, le phénotypage des plantes est devenu un outil incontournable de caractérisation des plantes et de sélection variétale.

Au cœur de l’observation et de la mesure, l’imagerie joue un rôle essentiel. En amont du traitement des données, la qualité de l’acquisition des images conditionne absolument la bonne exploitation des informations récoltées. La maitrise des fondamentaux en physique et en analyse d’images est donc un préalable à toute bonne pratique dans le domaine.

A l'issue de cette formation, les stagiaires seront capables de :

  • Optimiser leur pratique d’acquisition d’images
  • Exploiter efficacement les capacités des appareils d’acquisition d’images
  • Identifier les éléments nécessaires à une bonne acquisition en fonction de leurs applications
  • Utiliser un logiciel d’acquisition et de traitement d’image

La formation s’adresse à un public souhaitant améliorer sa pratique par une meilleure connaissance des principes physiques et une meilleure exploitation des équipements technologiques qui conditionnent l’optimisation de l’acquisition d’images : chercheurs, ingénieurs, techniciens de laboratoire (département R&D, centre de recherche, institut technique), industriels, étudiants.

Effectif : 12 stagiaires

Le parcours de formation combine des apports théoriques et leur mise en pratique via :

  • Accès à une plateforme en ligne (ressources pédagogiques, suivi de projet…).
  • Salle informatique équipée de caméras et d’ordinateurs
  • Utilisation de logiciels spécialisés dans l’acquisition et le traitement d’images
  • Exploitation des études de cas à partir de l’analyse du matériau proposé par chaque participant
  • Visite de la Plateforme de Phénotypage Haut Débit (INRAe-AgroSup Dijon-UBFC) et de la Plateforme DImaCell

Programme

Matin
  • Bases des principes physiques pour l’acquisition des images et exemples de traitements basiques :
    • —Qu’est-ce qu’une image (résolution, réglages optiques, éclairage, bruit…)
    • —Les notions de base (luminance, contraste, couleur, acuité, uniformité…)
    • —La calibration des caméras
    • —Les opérateurs de traitement d’images, les filtres….
  • Applications au phénotypage + autres exemples
Après-midi
  • Manipulation de caméras
  • Tests d’acquisition dans différentes conditions d’illumination
  • Visite de la 4PMI
  • Visite de la Plateforme DImaCell
Matin
  • Les différents types d’imagerie (anatomique, fonctionnelle, fluorescence, thermique…) et leur utilisation en fonction de leur application potentielle
  • Présentation des projets individuels
  • Prise en main logiciel (ImageJ, Matlab…)
  • Traitement haut-niveau et bas-niveau des images
Après-midi
  • Mise à l’épreuve des connaissances théoriques (séance 1) : Travail en binôme à partir du matériau apporté par les stagiaires.
Matin
  • Mise à l’épreuve des connaissances théoriques (séance 2) : Travail en binôme à partir du matériau apporté par les stagiaires.
Après-midi
  • Mise à l’épreuve des connaissances théoriques (séance 3) : Restitution au groupe du travail réalisé en binôme.

Tarif

1 270€ (incluant les repas et les pauses cafés)

Contactez-nous

Pierre Pellerin
Chargé d'ingénierie en formation continue
Tél. : 03 80 77 23 02
pierre.pellerin@agrosupdijon.fr
Valérie Berthelot
Assistante modules formation continue courte
Tél. : 03.80.77.26.89
valerie.berthelot@agrosupdijon.fr

Formation animée par

Frédéric Cointault, Maître de conférences HDR à l'Institut Agro Dijon.

Intervenants extérieurs : David Rousseau et Etienne Belin, enseignants-chercheurs à l’Université d’Angers.

Avec la participation de Pascale Winckler (DImaCell), Mickaël Lamboeuf (INRAe) et Julien Dubois (Université de Bourgogne).

Lieu : L'Institut Agro Dijon

Infos complémentaires

  • A l’issue du parcours les stagiaires évaluent la formation via un questionnaire en ligne.
  • Une attestation individuelle de suivi de formation est délivrée à l’issue du parcours.